De jaren dertig voerden Van der Leeuw langzaam maar zeker naar het brandpunt van het maatschappelijke spectrum. De wetenschap zou hij nooit loslaten, maar ze werd meer en meer een onderdeel van zijn bezigheden, naast andere activiteiten. In de jaren 1934 en 1935 was hij rector magnificus van de Groninger universiteit. In zijn colleges deed hij politieke uitspraken (wars van de verzuiling die het Nederlandse bestel kenmerkte en ten gunste van de doorbraak, die na de oorlog zijn hoop en desillusie zou blijken) en in 1936 droeg hij bij aan de bundel Het Christendom bedreigd door rassenwaan en jodenhaat. Een internationaal protest. Tussen de bedrijven door, overigens, werd hij in dat zelfde jaar benoemd tot lid van de Koninlijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen. En in 1938 verzorgde hij met anderen een nieuw liedboek voor de Nederlands Hervormde Kerk.
Ook in de oorlog nam Van der Leeuw politiek stelling: in de zomer van 1943, kort na het tumult om de loyaliteitsverklaring, trad hij met zijn collega's Van der Corput en Van der Pot toe tot de illegale contactgroep van hoogleraren, die probeerde steun te bieden aan studenten die weigerden de verklaring te tekenen. Het streven om tot één gedragslijn voor alle universiteiten en hogescholen te komen mislukte; wel bleef de Groninger universiteit - toen onder leiding van de Duits-gezinde rector De Burlet - open, al verplaatste haar wetenschappelijke activiteit zich van het Academiegebouw naar woonkamers en zolderverdiepingen in de stad en de provincie. Onderwijs en onderzoek kwamen vanaf mei 1943 vrijwel stil te liggen en het zou tot lang na de bevrijding duren eer de tegenstellingen vervaagden tussen hen die hadden gemeend te moeten voortgaan met hun wetenschappelijke werk en degenen die zich in het verzet actief hadden betoond. Als minister leidde Van der Leeuw de zuiveringen onder hoogleraren en studenten.
Op 23 juni 1945 werd de Groninger universiteit heropend: een lange stoet hoogleraren in toga liep van de Martinikerk naar het Academiegebouw. De oostwand van de Grote Markt was in puin veranderd, de noordwand zwaar beschadigd. De Martinitoren, echter, stond alweer in de steigers, ten teken dat met de wederopbouw een begin was gemaakt.